消毒的目的主要是利用物理方法或化学方法杀灭水中的细菌、病毒和病虫卵等致病微生物，以防止其对人类吸畜禽的健康产生危害和对环境造成污染。
　　对于医院污水、屠宰工业及生物制药等行业所排废水，国家及各地方环保部门制定的废水排放标准中都规定了必须达到的细菌学指标。在对工业废水和城市污水二级处理后排放前或深度处理后回用时，消毒处理也是必须的环节之一。